| 難易度 | ミッション名 | デウスエクス | 第一次破壊作戦 | 第二次破壊作戦 | 第三次破壊作戦 | 第四次破壊作戦 | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1-1 | 1 | 東京焦土地帯 | 死神（無限増殖） | 【排除不可】 | 【排除不可】 | 【排除不可】 | 【排除不可】 |
| 1-2 | 2 | 伽藍岳会戦 | 残霊（エインヘリアル） | 【排除不可】 | 【排除不可】 | 【排除不可】 | 【排除不可】 |
| 1-3 | 3 | 熊野竜牙呪林 | 竜牙兵（竜牙竜星雨） | 【排除不可】 | 【排除不可】 | 【排除不可】 | 【排除不可】 |
| 1-4 | 4 | ひたちなか復興地区 | ダモクレス | ■（破壊） | |||
| 1-5 | 5 | 螺旋番外地 | 螺旋忍軍 | ■（破壊） | |||
| 2-1 | 2 | 京都触手寺 | オーク | ■（破壊） | |||
| 2-2 | 4 | ぐんま昆虫の森 | ローカスト | ー | ー | ー | ー |
| 2-3 | 6 | 帝塚山住宅地 | 攻性植物 | ■（破壊） | |||
| 2-4 | 8 | 飛騨五龍嶽 | ドラグナー | ■ | ■（破壊） | ||
| 2-5 | 10 | 四日市コンビナート | ダモクレス | ■ | ■（破壊） | ||
| 3-1 | 3 | 香川丸亀城 | ドリームイーター | ■／■（破壊） | |||
| 3-2 | 6 | 尾張星の宮 | ドラゴン | ■（破壊） | |||
| 3-3 | 9 | 北九州再開発地区 | 死神 | ■ | ■（破壊） | ||
| 3-4 | 12 | 奥飛騨平湯大滝 | 攻性植物 | ■ | ■ | ■（破壊） | |
| 3-5 | 15 | 白神侵食樹海 | ローカスト | ー | ー | ー | ー |
| 4-1 | 4 | 鯖江眼鏡戦線 | 螺旋忍軍 | ■ | ■（破壊） | ||
| 4-2 | 8 | 奈良触手神社 | オーク | ■ | ■（破壊） | ||
| 4-3 | 12 | 大阪市中央区 | ローカスト | ー | ー | ー | ー |
| 4-4 | 16 | 鹿島臨海工業地帯 | ダモクレス | ■ | ■／■（破壊） | ||
| 4-5 | 20 | 日本平デジタルタワー | ドリームイーター | ■ | ■（破壊） | ||
| 5-1 | 5 | 糸魚川工業団地 | ダモクレス | ■ | |||
| 5-2 | 10 | 埼玉県秩父山地 | ビルシャナ | ||||
| 5-3 | 15 | 三宮北野坂 | 螺旋忍軍 | ||||
| 5-4 | 20 | 長崎新地中華街 | ドリームイーター | ■（破壊） | |||
| 5-5 | 25 | 吉野侵蝕駆除戦線 | 攻性植物 | ■ | |||
| 6-1 | 6 | 鳥取県米子市 | 螺旋忍軍 | ■（破壊） | |||
| 6-2 | 12 | 木曽山脈樹龍峰 | ドラゴン | ■／■（破壊） | |||
| 6-3 | 18 | 愛知県豊橋市 | 死神 | ||||
| 6-4 | 24 | 札幌手稲鉱山 | ドリームイーター | ■ | ■（破壊） | ||
| 6-5 | 30 | 佐渡ヶ島近海 | ダモクレス | ■（破壊） | |||
| 7-1 | 7 | 北海道富良野市 | 残霊（ヴァルキュリア） | 【排除不可】 | 【排除不可】 | 【排除不可】 | 【排除不可】 |
| 7-2 | 14 | 五月橋ＳＡ攻略戦 | 攻性植物 | ||||
| 7-3 | 21 | 秋田県大館市 | ドリームイーター | ■ | ■／■（破壊） | ||
| 7-4 | 28 | 恐羅漢山迎撃戦 | ダモクレス | ■／■／■ | ■（破壊） | ||
| 7-5 | 35 | さいたま市大宮区 | 死神 | ■ | |||
| 8-1 | 8 | 東京都練馬区 | ドラグナー | ■ | |||
| 8-2 | 16 | 鳳凰三山 | ビルシャナ | ■ | ■／■（破壊） | ||
| 8-3 | 24 | 三重県渡鹿野島 | シャイターン | ■ | ■（破壊） | ||
| 8-4 | 32 | 『蠹影病』治療任務 | 病魔 | 【排除不可】 | 【排除不可】 | 【排除不可】 | 【排除不可】 |
| 8-5 | 40 | 飫肥城包囲戦 | エインヘリアル | ■ | ■／■（破壊） | ||
| 9-1 | 9 | 『苛翼症候群』治療任務 | 病魔 | 【排除不可】 | 【排除不可】 | 【排除不可】 | 【排除不可】 |
| 9-2 | 18 | 霧島市新燃岳 | エインヘリアル | ■（破壊） | |||
| 9-3 | 27 | 加賀連続復讐事件 | シャイターン | ■ | ■ | ||
| 9-4 | 36 | 関門トンネル防衛戦 | 死神 | ■ | ■ | ■（破壊） | |
| 9-5 | 45 | 千島海溝滅竜戦 | ドラゴン | ■（破壊） | |||
| 10-1 | 10 | 原宿竹下通り | ビルシャナ | ■（破壊） | |||
| 10-2 | 20 | 浄土ヶ浜防衛戦 | 竜牙兵（直接襲来） | 【排除不可】 | 【排除不可】 | 【排除不可】 | 【排除不可】 |
| 10-3 | 30 | 舞鶴テロ阻止作戦 | 螺旋忍軍 | ■ | ■／■／■ | ■／■（破壊） | |
| 10-4 | 40 | 愛知県半田市 | 残霊（ダモクレス） | 【排除不可】 | 【排除不可】 | 【排除不可】 | 【排除不可】 |
| 10-5 | 50 | 高知県蟠蛇森 | ドラグナー | ■／■／■／■（破壊） | |||
| 11-1 | 11 | 長野県上田市 | 攻性植物 | ■ | ■（破壊） | ||
| 11-2 | 22 | 岡山県倉敷市 | 螺旋忍軍 | ■ | ■（破壊） | ||
| 11-3 | 33 | 神田古書店街 | ドリームイーター | ■／■（破壊） | |||
| 11-4 | 44 | 芸予諸島海賊討伐 | エインヘリアル | ■ | ■／■（破壊） | ||
| 11-5 | 55 | 神奈川県相模原市 | 死神 | ■ | ■／■／■／■／■（破壊） | ||
| 12-1 | 12 | 千葉県市川市 | オーク | ■ | ■／■（破壊） | ||
| 12-2 | 24 | 『ヒダル神病』治療任務 | 病魔 | 【排除不可】 | 【排除不可】 | 【排除不可】 | 【排除不可】 |
| 12-3 | 36 | 北野坂連続盗難事件 | ドリームイーター | ■ | ■ | ■／■（破壊） | |
| 12-4 | 48 | 神仙沼攻略戦 | ビルシャナ | ■／■ | ■／■／■（破壊） | ||
| 12-5 | 60 | 黒部峡谷飛竜討伐 | ドラゴン | ■ | ■／■／■／■／■（破壊） | ||
| 13-1 | 13 | 埼玉県春日部市 | オーク | ■（破壊） | |||
| 13-2 | 26 | 福岡県福岡市 | シャイターン | ■ | ■ | ■（破壊） | |
| 13-3 | 39 | 蔵王攻性樹林 | 攻性植物 | ■ | ■／■（破壊） | ||
| 13-4 | 52 | 小松空港防衛戦 | ダモクレス | ■／■ | ■ | ■／■（破壊） | |
| 13-5 | 65 | 唐津奪還戦 | エインヘリアル | ■／■ | ■／■／■（破壊） | ||
| 14-1 | 14 | 結核治療任務 | 病魔 | 【排除不可】 | 【排除不可】 | 【排除不可】 | 【排除不可】 |
| 14-2 | 28 | 秋田市川反通り | シャイターン | 実装前 | ■／■（破壊） | ||
| 14-3 | 42 | 天草諸島防衛戦 | エインヘリアル | 実装前 | ■ | ■／■／■／■（破壊） | |
| 14-4 | 56 | 兵庫県宝塚市 | ドリームイーター | 実装前 | |||
| 14-5 | 70 | 比叡山蘇生阻止戦 | 死神 | 実装前 | ■ | ■（破壊） | |
| 15-1 | 15 | 柏ドーナツ戦線 | 螺旋忍軍 | 実装前 | |||
| 15-2 | 30 | 海南発電所防衛戦 | 竜牙兵 | 実装前 | |||
| 15-3 | 45 | 島根県松江市 | ビルシャナ | 実装前 | ■（短剣1本喪失）／■／■ | ■／■（破壊） | |
| 15-4 | 60 | 足利樹海化地帯 | 攻性植物 | 実装前 | ■ | ||
| 15-5 | 75 | 雪晶島破壊作戦 | ドラゴン | 実装前 | ■ | ■（破壊） | |
| 16-1 | 16 | 福島県いわき市 | 屍隷兵 | 実装前 | ■／■ | ■（破壊） | |
| 16-2 | 32 | 狂森病治療任務 | 病魔 | 【排除不可】 | 【排除不可】 | 【排除不可】 | 【排除不可】 |
| 16-3 | 48 | 沖縄県中頭郡 | シャイターン | 実装前 | ■ | ||
| 16-4 | 64 | 強欲寺院破壊作戦 | ビルシャナ | 実装前 | |||
| 16-5 | 80 | 弘前城包囲戦 | エインヘリアル | 実装前 | ■ | ||
| 17-1 | 17 | お金のなる木駆除作戦 | 攻性植物 | 実装前 | ■ | ||
| 17-2 | 34 | 岡山県津山市 | 竜牙兵 | 実装前 | ■（破壊） | ||
| 17-3 | 51 | 自由聖域破壊作戦 | ビルシャナ | 実装前 | |||
| 17-4 | 68 | 足摺岬防衛戦 | 死神 | 実装前 | ■ | ||
| 17-5 | 85 | 焼津地竜窟攻略戦 | ドラゴン | 実装前 | ■／■／■ | ■ | |
| 18-1 | 18 | 熊本サンクチュアリ | 屍隷兵 | 実装前 | ■（短剣1本喪失/破壊） | ||
| 18-2 | 36 | 横浜市山手町 | ドラグナー | 実装前 | ■ | ||
| 18-3 | 54 | 『翼圧症』治療任務 | 病魔 | 【排除不可】 | 【排除不可】 | 【排除不可】 | 【排除不可】 |
| 18-4 | 72 | エインヘリアル殲犬大隊 | エインヘリアル | 実装前 | ■／■／■（破壊） | ||
| 18-5 | 90 | 宮城県仙台市 | 螺旋忍軍 | 実装前 | |||
| 19-1 | 19 | 茨城県かすみがうら市 | シャイターン | 実装前 | 実装前 | ||
| 19-2 | 38 | 鬼ヶ島攻防戦 | オーク | 実装前 | 実装前 | ■／■ | |
| 19-3 | 57 | ロックハート城 | ドリームイータ | 実装前 | 実装前 | ||
| 19-4 | 76 | 『子どもたちの学園』 | ビルシャナ | 実装前 | 実装前 | ■／■（破壊） | |
| 19-5 | 95 | 豊後水道奪還戦 | ドラゴン | 実装前 | 実装前 | ■／■ | ■／■（破壊） |
| 20-1 | 20 | 池袋サンシャインシティ | ドラグナー | 実装前 | 実装前 | ||
| 20-2 | 40 | 松阪市防疫戦 | 屍隷兵 | 実装前 | 実装前 | ||
| 20-3 | 60 | 屋久島防疫戦 | 攻性植物 | 実装前 | 実装前 | ■／■／■ | ■／■（破壊） |
| 20-4 | 80 | 朱雀大路探索任務 | ドリームイータ | 実装前 | 実装前 | ||
| 20-5 | 100 | 広島県福山市 | ダモクレス | 実装前 | 実装前 | ||
| 21-1 | 21 | 鳥取県境港市 | 屍隷兵 | 実装前 | 実装前 | ||
| 21-2 | 42 | 甲賀忍者戦 | 螺旋忍軍 | 実装前 | 実装前 | ■ | |
| 21-3 | 63 | 『楽園症候群』治療任務 | 病魔 | 【排除不可】 | 【排除不可】 | 【排除不可】 | 【排除不可】 |
| 21-4 | 84 | 富山県高岡市 | 死神 | 実装前 | 実装前 | ||
| 21-5 | 105 | 鳳凰光背武強明王殿 | ビルシャナ | 実装前 | 実装前 | ||
| 22-1 | 22 | 軽井沢保養地域 | 竜牙兵 | 実装前 | 実装前 | ■ | |
| 22-2 | 44 | 新潟県新潟市 | シャイターン | 実装前 | 実装前 | ■ | |
| 22-3 | 66 | 見島奪還戦 | エインヘリアル | 実装前 | 実装前 | ||
| 22-4 | 88 | 別子銅山跡 | ダモクレス | 実装前 | 実装前 | ■／■ | |
| 22-5 | 110 | 殲火剣嶽攻略戦 | ドラゴン | 実装前 | 実装前 | ■ | |
| 23-1 | 23 | 博多区中洲 | 屍隷兵 | 実装前 | 実装前 | 実装前 | |
| 23-2 | 46 | オブリヴィオ・ウイルス治療任務 | 病魔 | 【排除不可】 | 【排除不可】 | 【排除不可】 | 【排除不可】 |
| 23-3 | 69 | 佐賀県伊万里市 | シャイターン | 実装前 | 実装前 | 実装前 | |
| 23-4 | 92 | 破風山防喰戦 | 攻性植物 | 実装前 | 実装前 | 実装前 | ■ |
| 23-5 | 115 | 栃木巨犬座領域 | エインヘリアル | 実装前 | 実装前 | 実装前 | ■ |
| 24-1 | 24 | 宮城県石巻市 | オーク | 実装前 | 実装前 | 実装前 | ■ |
| 24-2 | 48 | 風魔忍者戦 | 螺旋忍軍 | 実装前 | 実装前 | 実装前 | |
| 24-3 | 72 | 島根県隠岐島 | ビルシャナ | 実装前 | 実装前 | 実装前 | |
| 24-4 | 96 | 大鳴門橋奪還戦 | 死神 | 実装前 | 実装前 | 実装前 | |
| 24-5 | 120 | 八代轟炎竜獄 | ドラゴン | 実装前 | 実装前 | 実装前 | |
| 25-1 | 25 | 猪苗代湖 | 屍隷兵 | 実装前 | 実装前 | 実装前 | |
| 25-2 | 50 | 別府地獄奪還戦 | シャイターン | 実装前 | 実装前 | 実装前 | |
| 25-3 | 75 | 静岡県磐田市 | 竜牙兵 | 実装前 | 実装前 | 実装前 | |
| 25-4 | 100 | 岩手龍泉洞 | ドラグナー | 実装前 | 実装前 | 実装前 | |
| 25-5 | 125 | 久米島近海 | ダモクレス | 実装前 | 実装前 | 実装前 |
